08. 2000-07. 2002, „Molekularne mechanizmy niestabilności ludzkich trójnukleotydowych sekwencji powtórzonych związanych z niektórymi chorobami genetycznymi człowieka”. Projekt nr P04A 01617 finansowany przez KBN, kierownik projektu,
08. 2000-09. 2003, „Niedobory białka wiążącego mannozę (MBL) w patogenezie nawracających zakażeń dróg oddechowych u dzieci”. Projekt nr. 4 P05E 12719, główny wykonawca
04. 2004-04. 2005, „Wpływ systemu naprawy DNA przez wycinanie nukleotydów (NER) na genetyczna stabilność trójnukleotydowych sekwencji powtórzonych (CTG/CAG)n”. Projekt nr. 2 P05A 00926, kierownik grantu promotorskiego.
10. 2004-10. 2005, Określenie częstości rekombinacji homologicznej miedzy dwoma traktami (CTG)n w chromosomie bakteryjnym E. coli oraz wpływu systemu naprawy DNA-NER na ten proces”. Projekt nr. 2 P05A 01927, kierownik grantu promotorskiego.
10. 2006-10. 2008, „Opracowanie nowej metody analizy epidemiologicznej prątków grupy MAIC oraz prątków gruźlicy z zastosowaniem technologii TRS-PCR”. Projekt nr. N404 073 31/3286, kierownik grantu własnego.
03. 2007-03. 2008, „Opracowanie molekularnej metody diagnostyki i różnicowania patogennych szczepów Mycobacterium w oparciu o technikę TRS-PCR”. Projekt nr. N404 002 32/0101, kierownik grantu promotorskiego.
03. 2007-03. 2008 „Opracowanie molekularnej metody diagnostyki i różnicowania uropatogennych szczepów Escherichia coli w oparciu o technikę multiplex-PCR i TRS-PCR”. Projekt nr. N404 097 32/3354, kierownik grantu promotorskiego.
09. 2009-09. 2012, „Pre-walidacja molekularnej metody TRS-PCR dla genotypowania prątków Mycobacterium gordonae i Mycobacterium avium”, Projekt nr. N N401 162137, kierownik grantu własnego.
2009-2013, „Badania mechanizmów molekularnych na styku organizm ludzki – patogen – czynniki środowiska (InterMolMed)”, POIG. 01. 01. 02-10-107/09, współwykonawca
2001 – The Royal Society Joint Project Grant – „Influence of DNA supercoiling on the stability of triplet repeats”; Dr Richard Bowater – UK Project Leader, Dr Paweł Parniewski – Partner Project Leader
2001 – NATO Science Programme, Cooperative Science & Technology Sub-Programme Collaborative Linkage Grant, dr Paweł Parniewski – Project Coordinator from Partner country
