Bioinformatyczne analizy całogenomowe oparte o obecność i rozmieszczenie w analizowanych genomach sekwencji mikrosatelitarnych. W szczególności, badania genomów bakteryjnych, korelujących zależność pozycji w genomach motywów trójnukleotydowych (TRS) oraz wielkość fragmentów sekwencji pomiędzy nimi, pozwolające wykazać wysoką siłę różnicowania blisko spokrewnionych organizmów. Przykładowo, w przypadku wybranych genomów M. tuberculosis, gdzie podobieństwo genomów jest bardzo wysokie (>90%), stosowana metodyka pozwoliła rozdzielić grupy genomów z dwóch różnych, linii filogenetycznych.
