Instytut Biologii Medycznej PAN został utworzony Decyzją Prezesa PAN Nr 4 z 27 lutego 2008 r. Wpisany do rejestru instytutów Polskiej Akademii Nauk pod numerem RIN-VI-64/08. Na podstawie Decyzji nr 64/08 Prezesa PAN z dnia 29 kwietnia 2008 roku uzyskał osobowość prawną.
Instytut stał się następcą prawnym w zakresie praw i obowiązków zlikwidowanego z dniem 28 kwietnia 2008 na podstawie Uchwały nr 49/2007 Prezydium PAN Centrum Biologii Medycznej PAN (Centrum Biologii Medycznej PAN zostało powołane do życia z dniem 1 lipca 2003 r. Uchwałą Nr 26/03 Prezydium PAN z dnia 11 czerwca 2003 w wyniku połączenia dwóch łódzkich placówek Polskiej Akademii Nauk, Centrum Mikrobiologii i Wirusologii (1987 – 2003) oraz Zakładu Amin Biogennych (1959 – 2003). Działalność podjęło z dniem 01 stycznia 2004 r.).
Uchwałą KBN nr 47/2004 z dnia 16 września 2004 r. (Dz. U. Nr 10, poz. 65) Ministerstwo Nauki i Informatyzacji nadało Instytutowi Biologii Medycznej PAN status Centrum Doskonałości w Dziedzinie Biologii Medycznej.
Od maja 2007 roku IBM PAN posiada uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk medycznych w dyscyplinie biologia medyczna a od maja 2019 posiada uprawnienia do nadawania stopnia doktora nauk medycznych i nauk o zdrowiu w dyscyplinie nauki medyczne.
W wyniku oceny parametrycznej działaności naukowej za lata 2013-2016 Instytutowi została przyznana przez MNiSW Decyzją Nr 193/KAT/2017 z 30.11.2017 KATEGORIA „A”.
Instytut Biologii Medycznej PAN wraz z Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN i Uniwersytetem Łódzkim utworzył i współprowadzi, począwszy od roku akademickiego 2019/2020, Szkołę Doktorską BioMedChem Uniwersytetu Łódzkiego i Instytutów Polskiej Akademii Nauk w Łodzi, realizującą kształcenie w dyscyplinach: nauki biologiczne, nauki medyczne oraz nauki chemiczne. Liderem Szkoły jest Uniwersytet Łódzki.
Przedmiotem działalności Instytutu jest prowadzenie badań naukowych w zakresie nauk biomedycznych skupionych na wyjaśnieniu podstawowych mechanizmów molekularnych procesów fizjologicznych i patofizjologicznych oraz biotechnologii medycznej. Placówka działa na rzecz rozwoju w/w dziedzin nauki, zajmuje się prowadzeniem nowoczesnych badań podstawowych i aplikacyjnych, w szczególności prac badawczych w zakresie: biologii i biotechnologii medycznej badań relacji organizm-środowisko oraz badań na styku patogen-gospodarz na poziomie molekularnym, komórkowym i na poziomie organizmu, w dziedzinach: nauk medycznych, nauk biologicznych, nauk chemicznych i nauk farmaceutycznych.
Uprawiane specjalności: biologia medyczna, farmakologia, mikrobiologia, wirusologia molekularna, biologia molekularna, genetyka i fizjologia drobnoustrojów, immunologia, immunobiologia zakażeń, chemia medyczna i biologiczna, struktura i funkcja DNA, struktury komórkowe bakterii.
IBM PAN posiada specjalne urządzenie badawcze (SPUB) pn.: „Infrastruktura do prowadzenia i utrzymania kolekcji hodowli komórkowych, kolekcji szczepów bakteryjnych i wirusowych oraz plazmidów, jako unikatowego miejsca badawczego o ogólnokrajowym znaczeniu” w postaci biblioteki rekombinowanych linii reporterowych, rekombinowanych szczepów bakteryjnych oraz szczepów wirusowych.
Prace badawcze Instytutu prowadzone są w 10 pracowniach oraz 3 laboratoriach.
Instytut Biologii Medycznej PAN posiada bibliotekę naukową znajdującą się w budynku przy ul. Tylnej 3 (w ramach Centralnej Biblioteki Placówek PAN w Łodzi) oraz przy ul. Lodowej 106. Biblioteka gromadzi literaturę fachową, głównie w języku angielskim z następujących dziedzin: biochemia, alergologia, immunologia, farmakologia, neurologia, fizjologia i dziedziny pokrewne oraz biotechnologia, genetyka, wirusologia, mikrobiologia i chemia organiczna.
W Instytucie Biologii Medycznej PAN działa Archiwum Zakładowe gromadzące także dokumentację zlikwidowanych placówek: Centrum Mikrobiologii i Wirusologii PAN oraz Zakładu Amin Biogennych PAN.
W IBM PAN działają Zakłady Inżynierii Genetycznej w związku z prowadzeniem prac badawczych z zamkniętym użyciem GMM, zaliczanych od I do III kategorii zagrożenia dla zdrowia ludzi i środowiska na podstawie Ustawy z dnia 22 czerwca 2001 roku o mikroorganizmach i organizmach genetycznie zmodyfikowanych (Dz. U. z 2001. Nr 76 poz. 811 z późniejszymi zmianami).
Instytut Biologii Medycznej PAN będąc członkiem konsorcjum i partnerem w projekcie EU-OPENSCREEN „Europejska infrastruktura otwartych platform screeningowych w biologii chemicznej” realizowanym w ramach 7 Programu Ramowego (SP4 Capacities, Theme INFRA -2010-2.2.6, Combination of CSA Construction of New Research Infrastructures – Preparatory Phase, numer kontraktu 261281) i koordynatorem polskiego konsorcjum POL-OPENSCREEN wchodzącego w skład konsorcjum międzynarodowego EU-OPENSCREEN został umieszczony na liście projektów Polskiej Mapy Drogowej Infrastruktury Badawczej, uszeregowanej wg strategicznych obszarów badań, zatwierdzonej przez Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego.
Obszar badań dotyczący Instytutu Biologii Medycznej PAN to „Wydajna ochrona zdrowia i wzrost efektywności działań prozdrowotnych” (badania mechanizmów powstawania, rozwój profilaktyki i diagnostyki oraz metod leczenia chorób cywilizacyjnych i infekcyjnych oraz szczególnie groźnych; rozwój farmakoterapii i badania nad lekoodpornością; rozwój technologii dla bezpiecznej i prozdrowotnej żywności; rozwój i zastosowanie technologii informatycznych w naukach bio-medycznych).
W dniu 20 marca 2018 roku Komisja Europejska podjęła decyzję o nadaniu Konsorcjum EU-OPENSCREEN statusu europejskiego konsorcjum infrastruktury badawczej, European Research Infrastructure Consortium (ERIC). Polska, decyzją Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego jest jednym z krajów członków założycieli EU-OPENSCREEN ERIC.
