Instytut Biologii Medycznej PAN został utworzony Decyzją Prezesa PAN Nr 4 z 27 lutego 2008 r. Wpisany do rejestru instytutów Polskiej Akademii Nauk pod numerem RIN-VI-64/08. Na podstawie Decyzji nr 64/08 Prezesa PAN z dnia 29 kwietnia 2008 roku uzyskał osobowość prawną.
Instytut stał się następcą prawnym w zakresie praw i obowiązków zlikwidowanego z dniem 28 kwietnia 2008 na podstawie Uchwały nr 49/2007 Prezydium PAN Centrum Biologii Medycznej PAN (Centrum Biologii Medycznej PAN zostało powołane do życia z dniem 1 lipca 2003 r. Uchwałą Nr 26/03 Prezydium PAN z dnia 11 czerwca 2003 w wyniku połączenia dwóch łódzkich placówek Polskiej Akademii Nauk, Centrum Mikrobiologii i Wirusologii (1987 – 2003) oraz Zakładu Amin Biogennych (1959 – 2003). Działalność podjęło z dniem 01 stycznia 2004 r.).
Uchwałą KBN nr 47/2004 z dnia 16 września 2004 r. (Dz. U. Nr 10, poz. 65) Ministerstwo Nauki i Informatyzacji nadało Instytutowi Biologii Medycznej PAN status Centrum Doskonałości w Dziedzinie Biologii Medycznej.
Od maja 2007 roku IBM PAN posiada uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk medycznych w dyscyplinie biologia medyczna a od maja 2019 posiada uprawnienia do nadawania stopnia doktora nauk medycznych i nauk o zdrowiu w dyscyplinie nauki medyczne.
W wyniku oceny parametrycznej działaności naukowej za lata 2013-2016 Instytutowi została przyznana przez MNiSW Decyzją Nr 193/KAT/2017 z 30.11.2017 KATEGORIA „A”.
Instytut Biologii Medycznej PAN wraz z Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN i Uniwersytetem Łódzkim utworzył i współprowadzi, począwszy od roku akademickiego 2019/2020, Szkołę Doktorską BioMedChem Uniwersytetu Łódzkiego i Instytutów Polskiej Akademii Nauk w Łodzi, realizującą kształcenie w dyscyplinach: nauki biologiczne, nauki medyczne oraz nauki chemiczne. Liderem Szkoły jest Uniwersytet Łódzki.
